Faktura VAT: jak działa system kontroli, blokowania i odblokowywania

Autor artykułu: Denis Korablyov

Data aktualizacji: 17 grudnia 2025

Faktura VAT jest jednym z kluczowych dokumentów w systemie VAT: potwierdza rzeczywistość operacji gospodarczych, pozwala tworzyć podatek naliczony i wpływa na reputację firmy w oczach państwa oraz kontrahentów. Jednak automatyczny system monitoringu SMKOR może wstrzymać jej rejestrację nawet przy niewielkich odchyleniach lub błędach technicznych. W tym materiale szczegółowo omówiono, jak przebiega kontrola faktur VAT, dlaczego trafiają one pod blokadę, jakie dokumenty są potrzebne do odblokowania oraz jak firmy mogą unikać podobnych sytuacji w przyszłości.

Jeżeli jesteś podatnikiem VAT – faktura VAT (PN) to dla Ciebie nie tylko formalność, lecz podstawowy dokument potwierdzający Twoje operacje. Każda sprzedaż towaru lub usługi jest rejestrowana w Jednolitym Rejestrze, a na podstawie tych danych urząd skarbowy widzi cały łańcuch dostaw: producent → hurtownik → detalista → końcowy odbiorca.

PN to podstawa do podatku naliczonego, wskaźnik „przejrzystości” biznesu, a jednocześnie źródło ryzyka, ponieważ system monitorowania może wstrzymać jej rejestrację nawet bez udziału człowieka.

W tym poradniku wyjaśniamy: jak dokładnie przebiega kontrola faktur VAT w systemie SMKOR, dlaczego PN jest blokowana i co w takim przypadku należy zrobić, jakie dokumenty są potrzebne do odblokowania oraz jak zapobiegać blokadom w przyszłości.

Dlaczego faktura VAT jest tak ważna

Faktura VAT to nie tylko dokument do raportowania. To główny dokument potwierdzający operacje VAT na Ukrainie. Ma dwie kluczowe funkcje:

Dla biznesu – prawo do podatku naliczonego

Podatnik VAT może zmniejszyć swoje zobowiązania podatkowe o kwotę VAT, jeśli faktura jest zarejestrowana w Jednolitym Rejestrze.
Bez zarejestrowanej faktury nie może uwzględnić tej kwoty w podatku naliczonym, nawet jeśli towar lub usługa zostały faktycznie dostarczone.

Dla kontrahentów – gwarancja uczciwości transakcji

Dzięki wcześniej wystawionym fakturom VAT biznes może sprawdzić swojego kontrahenta i uniknąć „ryzykownych” partnerów. Od 2017 roku faktury VAT są częściowo otwarte i można je sprawdzić przez serwis „Jednolity Rejestr Faktur VAT”, dostępny w elektronicznym biurze podatnika.

Jak przebiega proces kontroli faktury VAT przy rejestracji

Każda faktura VAT przechodzi automatyczną kontrolę systemu monitorowania kryteriów oceny ryzyka (SMKOR). System ten samodzielnie analizuje fakturę i podejmuje jedno z dwóch rozwiązań:

• zarejestrować dokument, lub
• wstrzymać rejestrację (tzw. „blokada faktur VAT”).

Wstrzymanie rejestracji faktury VAT regulowane jest Procedurą wstrzymywania rejestracji PN/RK w Jednolitym Rejestrze Faktur VAT (dalej – Procedura).

Ogólnie faktura VAT przechodzi cztery etapy kontroli, z których każdy ma własne kryteria.

Etap 1. Sprawdzenie zgodności z cechami automatycznej rejestracji

Na tym etapie system określa, czy faktura spełnia cechy automatycznej rejestracji bez dodatkowej analizy. Jeśli spełnia przynajmniej jedną z takich cech – zostaje zarejestrowana od razu.

Cechy automatycznej rejestracji:

• nabywca NIE jest podatnikiem VAT lub faktura dotyczy operacji preferencyjnej (czyli jeśli nabywca nie otrzyma kredytu z tej faktury, nie ma sensu dalej jej weryfikować);
• miesięczna wartość faktur jest mniejsza niż 1 mln hrywien. Przy tym wartość dostawy dla jednego odbiorcy nie przekracza 100 tys. hrywien miesięcznie, a VAT zapłacony w poprzednim miesiącu oraz VAT zadeklarowany w ostatnim okresie rozliczeniowym przekracza 40 tys. hrywien. Dodatkowo – kierownik zajmuje stanowisko nie więcej niż w 5 firmach;
• sprzedawca opłaca znaczną kwotę VAT (w ciągu ostatnich 12 miesięcy więcej niż 10 mln hrywien zapłaconego i zadeklarowanego VAT);
• w fakturze wskazano tylko te operacje (wg kodów UKT ZED/DKPP), które były podane we wcześniej przesłanej i zaakceptowanej przez urząd tabeli danych podatnika. Przy tym podatnik nie ma statusu ryzyka;
• faktura dotyczy określonych operacji (ich lista powinna być weryfikowana w pkt 5 ust. 3 Procedury);
• kwota operacji faktury do 10 tys. hrywien, brak statusu ryzyka i kierownik zajmuje stanowisko nie więcej niż w 5 firmach; 
• przesłano korektę w ramach 10 tys. hrywien (i również brak statusu ryzyka oraz kierownik zajmuje stanowisko nie więcej niż w 5 firmach).

Status ryzyka – powoduje problemy, nawet jeśli faktura dotyczy niewielkiej kwoty. Dlatego bardzo ważne jest terminowe wykluczenie przedsiębiorstwa z listy ryzykownych podatników VAT.

Jeśli faktura nie spełnia żadnej z powyższych cech, nie zostanie zarejestrowana automatycznie i przejdzie do następnego, drugiego etapu weryfikacji.

Etap 2. Ocena ryzyka podatnika

Na tym etapie sprawdza się, czy podatnik należy do ryzykownych. Kryteria ryzyka określono w Załączniku 1 do Procedury, jest ich łącznie osiem. Weryfikację przeprowadza komisja organu regionalnego US, a nie automatyczny system SMKOR. 

Jeśli komisja podejmie decyzję o spełnieniu przez podatnika przynajmniej jednego kryterium ryzyka – decyzja jest przesyłana do SMKOR, a system automatycznie wstrzymuje rejestrację faktury.
Jeśli decyzji brak – faktura przechodzi do kolejnego etapu weryfikacji: analiza pozytywnej historii podatkowej.

Kryteria ryzyka podatnika:

• podatnik zarejestrowany na podstawie nieważnych lub sfałszowanych dokumentów;
• własność lub zarządzanie firmą przekazane nieistniejącym, zmarłym lub zaginionym osobom;
• rejestracja podatnika dokonana przez osoby fizyczne, które oświadczyły, że nie miały zamiaru prowadzić działalności gospodarczej;
• otrzymano informację, że działalność finansowo-gospodarcza jest prowadzona bez wiedzy założyciela lub kierownika;
• osoba prawna nie posiada rachunku bankowego;
• nie złożono deklaracji VAT za dwa ostatnie okresy rozliczeniowe;
• nie złożono sprawozdania finansowego za ostatni okres rozliczeniowy (dla podatników na ogólnym systemie opodatkowania);
• urząd posiada informacje wskazujące na ryzyko podatnika VAT (istnieje 20 kodów informacji podatkowej, które mogą powodować zaliczenie podatnika do listy ryzykownych).

Porada: jeśli Twoje przedsiębiorstwo spełnia przynajmniej jedno kryterium i znalazło się na liście ryzykownych, ważne jest, aby od razu złożyć wyjaśnienia i dokumenty w celu jego wykluczenia. 

Etap 3. Analiza pozytywnej historii podatkowej

Po weryfikacji ryzyka system przechodzi do analizy pozytywnej historii podatkowej podatnika VAT.
Jest to jeden z kluczowych etapów, który może “uratować” fakturę przed blokadą. System sprawdza 9 wskaźników pozytywnej historii. Jeśli podatnik spełnia przynajmniej jedno kryterium, faktura zostaje automatycznie zarejestrowana. Jeśli nie spełnia żadnego – dokument przechodzi do końcowego etapu weryfikacji, w którym ocenia się ryzyko samej operacji.

Kryteria pozytywnej historii podatkowej:

• wolumen zarejestrowanych faktur w bieżącym miesiącu nie przekracza 3 mln hrywien (dotyczy małego lub nowego biznesu);
• stabilny asortyment zakupionych towarów (pokazuje, że kupujesz stały asortyment towarów lub usług, bez nietypowych zakupów);
• wartość netto środków trwałych w sprawozdaniu wynosi co najmniej 5 mln hrywien;
• powierzchnia gruntów będących w posiadaniu lub wynajmie wynosi co najmniej 200 ha (dotyczy producentów rolnych);
• w ciągu ostatnich 12 miesięcy podatnik zapłacił PIT na jednego pracownika w kwocie przekraczającej 2-krotność podatku od minimalnego wynagrodzenia, średnio więcej niż 5 pracowników miesięcznie;
• w poprzednim roku rozliczeniowym zapłacono podatki i ZUS w kwocie powyżej 10 mln hrywien rocznie;
• w ciągu ostatnich 12 miesięcy zapłacono VAT powyżej 1 mln hrywien;
• wszystkie wcześniej wstrzymane faktury zostały zarejestrowane (te, dla których minął termin na złożenie wyjaśnień);
• długa pozytywna historia.

Etap 4. Weryfikacja ryzyka operacji

Jeśli poprzednie etapy nie wykazały podstaw do wstrzymania, system analizuje samą operację pod kątem ryzyka. System sprawdza 6 kryteriów ryzyka operacji przy weryfikacji faktury. Jeśli operacja spełnia przynajmniej jedno z nich – rejestracja faktury zostaje zablokowana. Jeśli nie – faktura zostaje automatycznie zarejestrowana.

Kryteria ryzyka operacji:

• niezgodność co najmniej 1,5-krotna między ilością dostarczonego towaru (usługi) a ilością nabytego (importowanego) towaru (usługi);
• brak licencji na wyroby akcyzowe wskazane w rejestrowanej fakturze;
• brak aktualnego wpisu w Rejestrze podatników akcyzy dotyczącego podmiotu gospodarczego sprzedającego paliwo;
• wstrzymanie rejestracji korekty (RK) zmieniającej nomenklaturę towaru;
• sporządzenie RK w celu zmniejszenia zobowiązań podatkowych o kwotę przekraczającą „wirtualny stan towarów/usług” – różnicę między wolumenami zakupu a dostawy towarów/usług, czyli jego wirtualny stan w SMKOR;
• sporządzenie RK do faktury zarejestrowanej na podatnika nie-VAT, przy czym rejestracja tej RK następuje po upływie ponad 90 dni od rejestracji faktury.

Na tym system kończy weryfikację. Podatnik otrzymuje informację w formie pokwitowania dotyczącego rejestracji faktury lub wstrzymania jej rejestracji.

Wszystkie te etapy weryfikacji odbywają się automatycznie, dlatego nawet drobne nieścisłości w kodach towarów, kontrahentach lub datach mogą spowodować wstrzymanie faktury.

Co zrobić, jeśli wstrzymano rejestrację faktury VAT

Jeżeli system wstrzymał rejestrację faktury VAT, podatnik otrzymuje pokwitowanie z podaniem przyczyny blokady w Elektronicznym Biurze Podatnika.

Aby zarejestrować fakturę VAT, należy złożyć pisemne wyjaśnienia oraz dołączyć dokumenty potwierdzające.
Termin składania – 365 dni od dnia następującego po dacie wystawienia faktury (pkt 6 Procedury nr 520).

W wyjaśnieniach należy krótko i jasno przedstawić istotę operacji oraz jej rzeczywisty charakter. Do nich dołącza się dokumenty potwierdzające podane okoliczności. W szczególności:

• umowy lub kontrakty;
• pełnomocnictwa i protokoły;
• dokumenty pierwotne dotyczące dostaw towarów lub usług;
• dokumenty rozliczeniowe (polecenia przelewu, wyciągi bankowe);
• certyfikaty zgodności, listy przewozowe towarów itp.
  

Wyjaśnienia są rozpatrywane przez komisje organów terytorialnych fiskusa. Termin rozpatrzenia – 5 dni roboczych. Na podstawie rozpatrzenia komisja podejmuje decyzję o rejestracji lub odmowie rejestracji faktury VAT (lub wnioskuje o dodatkowe dokumenty).

Jeżeli uważasz, że decyzja komisji jest niesprawiedliwa, możesz złożyć skargę na tę komisję do centralnej komisji aparatu fiskusa.

Jeśli potrzebujesz pomocy w analizie faktur VAT, przygotowaniu wyjaśnień lub odblokowaniu faktury – zespół buh.ua pomoże. Wspieramy w kontrolach, przygotowujemy dokumenty i chronimy interesy klientów w sporach podatkowych.

Jak zapobiec blokadzie faktur VAT

Najskuteczniejszym sposobem uniknięcia blokady faktur VAT jest złożenie Tabeli danych podatnika VAT. Dokument ten pomaga organom podatkowym zrozumieć specyfikę działalności przedsiębiorstwa: jakie towary lub usługi kupujesz, co produkujesz i co dostarczasz dalej.

Podczas kontroli faktur VAT system SMKOR porównuje kody towarów i usług w fakturze z tymi wskazanymi w Twojej Tabeli danych. Jeśli informacje się zgadzają, prawdopodobieństwo blokady znacznie spada. Tabela jest szczególnie przydatna, gdy przedsiębiorstwo prowadzi nietypową działalność, łączy kilka rodzajów biznesu lub często zmienia asortyment. 

Jesteście ekspertami w swojej dziedzinie, więc może się wydawać, że wszystko jest proste. Ale urzędnicy skarbowi nie są ekspertami w każdej branży i nie znają szczegółów działania każdego biznesu. Dlatego zdecydowanie zalecamy złożenie takiej tabeli danych, aby w przyszłości zapobiec blokadzie faktur VAT.

Dodatkowo istnieje kilka praktycznych wskazówek, które pomagają zmniejszyć ryzyko wstrzymania rejestracji faktur:

• terminowo składaj deklaracje podatkowe;
• aktualizuj ewidencję środków trwałych;
• nie przeprowadzaj operacji niezgodnych z bazą materialną przedsiębiorstwa;
• kupuj i dostarczaj tylko te towary, które odpowiadają profilowi działalności;
• kontroluj wolumeny dostaw w stosunku do zakupionych ilości towarów;
• terminowo opłacaj podatki i opłaty.

Jakie mogą być konsekwencje, jeśli nie złożysz wyjaśnień

1. Faktura VAT pozostanie niezarejestrowana w ERPN. W związku z tym nabywca nie będzie mógł uwzględnić jej w podatku naliczonym. Może to spowodować konflikt z kontrahentem, ponieważ oczekuje on „kredytowej” faktury VAT.
2. Naruszenie warunków umowy. Wiele umów zawiera zapis o obowiązkowej rejestracji faktury VAT. Jeśli tego nie wykonasz – możliwe są kary, roszczenia, odmowa współpracy.
3. Kary za nieterminową rejestrację (lub jej brak). Jeśli w ciągu 365 dni nie zostaną złożone wyjaśnienia dotyczące rejestracji faktury VAT i rejestracja nie nastąpi, organ podatkowy może nałożyć karę w wysokości 25% kwoty VAT wskazanej na fakturze (pkt 90 Podrozdziału 2 Rozdziału XX Prawa Podatkowego, ust.13 pkt.120.1).
4. Ryzyko dalszej uwagi ze strony organu podatkowego. Jeśli „milczysz” po wstrzymaniu rejestracji, system traktuje to jako oznakę “schematycznego zachowania”. Zwiększa to prawdopodobieństwo blokady kolejnych faktur, nawet jeśli będą całkowicie poprawne.
5. Pogorszenie historii podatkowej podatnika. Może to prowadzić do obniżenia reputacji podatnika w oczach organów podatkowych. W przyszłości może to wpłynąć na automatyczne blokowanie faktur, utrudnienia w uzyskaniu zwrotu VAT, wpisanie do listy ryzykownych podatników.

Oznacza to, że brak złożenia wyjaśnień jest faktycznie dobrowolną zgodą na to, że faktura jest fikcyjna lub wątpliwa. Nawet jeśli jest prawdziwa, bez wyjaśnień nie można jej „zrehabilitować”. 

Organy podatkowe traktują taką bezczynność jako “ryzykowne zachowanie”, co wpływa na historię podatkową firmy i zwiększa ryzyko kolejnych kontroli.

FAQ: częste pytania dotyczące faktur VAT